DEXSeq differential exon usage test

Experimental design

sampleidnamelabelgenotypereplicategroupcondition
RA_WT_124717RA_WT_1X24717_STARWT1controlcontrol
RA_WT_224718RA_WT_2X24718_STARWT2controlcontrol
RA_WT_324719RA_WT_3X24719_STARWT3controlcontrol
RA_GC_124723RA_G/C_1X24723_STARG/C1experimentexperiment
RA_GC_224724RA_G/C_2X24724_STARG/C2experimentexperiment
RA_GC_324725RA_G/C_3X24725_STARG/C3experimentexperiment

formulaDispersion = full

formula0 = reduced

formula1 = full

testForDEU result table

geneIDchrstartendtotal_exonsexon_changes
AGAP000005AgamP4_X 32382 38843 51
AGAP000017AgamP4_X 209892 238150241
AGAP000028AgamP4_X 357391 364560 22
AGAP000188AgamP4_X 3070951 3081974 91
AGAP000234AgamP4_X 4388904 4408998111
AGAP000281AgamP4_X 5044431 5098284112
AGAP000403AgamP4_X 7286093 7296604 41
AGAP000457AgamP4_X 7930828 7935051 81
AGAP000461AgamP4_X 7971847 8011061182
AGAP000523AgamP4_X 9454190 9457700 41
AGAP000526AgamP4_X 9460831 9469965 62
AGAP000627AgamP4_X1128357611289116 51
AGAP000698AgamP4_X1254116212542852 32
AGAP001144AgamP4_2R 592484 594701 51
AGAP001372AgamP4_2R 3888123 3995260 81
AGAP001475AgamP4_2R 5373424 5378576141
AGAP001488AgamP4_2R 5542683 5555456 31
AGAP001529AgamP4_2R 5859973 5861278 21
AGAP001564AgamP4_2R 6283256 6303513 71
AGAP001583AgamP4_2R 6463746 6478735 61
AGAP001780AgamP4_2R1021423310231840181
AGAP002123AgamP4_2R1604921616074619111
AGAP002176AgamP4_2R1690295316911547111
AGAP002186AgamP4_2R1721650117315760171
AGAP002264AgamP4_2R1835767218371795 71
AGAP002285AgamP4_2R1857990018585061 41
AGAP002306AgamP4_2R1905406319056302 33
AGAP002396AgamP4_2R2090613720909870 41
AGAP002501AgamP4_2R2205038122053158 32
AGAP002564AgamP4_2R2287486322892403101
AGAP002575AgamP4_2R2309675123107410 41
AGAP002576AgamP4_2R2311185723127257 71
AGAP002619AgamP4_2R2424544324251444 41
AGAP002622AgamP4_2R2427190624276543 51
AGAP002655AgamP4_2R2518831825195541 52
AGAP002690AgamP4_2R2564568725648625101
AGAP002711AgamP4_2R2601451726044178222
AGAP002737AgamP4_2R2636358026395076181
AGAP002757AgamP4_2R2671191026747494 41
AGAP002858AgamP4_2R2832291328389385151
AGAP002945AgamP4_2R3000013430006998 52
AGAP002952AgamP4_2R3005933130063986101
AGAP002983AgamP4_2R3053019830540145 81
AGAP002997AgamP4_2R3075566230777121 61
AGAP003021AgamP4_2R3120839431219116101
AGAP003093AgamP4_2R3241545332416824 31
AGAP003158AgamP4_2R3340273133406081 62
AGAP003159AgamP4_2R3341122933414462 42
AGAP003162AgamP4_2R3344260333450523101
AGAP003164AgamP4_2R3346163133476357122
AGAP003170AgamP4_2R3351213133513831 41
AGAP003173AgamP4_2R3352385833525281 32
AGAP003200AgamP4_2R3379854633800823 51
AGAP003211AgamP4_2R3391967433934153 42
AGAP003218AgamP4_2R3400071234005635 22
AGAP003221AgamP4_2R3401795734028112101
AGAP003232AgamP4_2R3406017534065980 71
AGAP003329AgamP4_2R3603064336040925 22
AGAP003387AgamP4_2R3721786137219285 22
AGAP003398AgamP4_2R3729945537312049103
AGAP003404AgamP4_2R3742101637421824 31
AGAP003408AgamP4_2R3744958037453527 71
AGAP003439AgamP4_2R3772374737763186394
AGAP003457AgamP4_2R3788659437936316 72
AGAP003465AgamP4_2R3801641338019808 31
AGAP003517AgamP4_2R3907105139077172 41
AGAP003537AgamP4_2R3922302439245518 51
AGAP003546AgamP4_2R3936529139418249161
AGAP003597AgamP4_2R4039284440401314 52
AGAP003646AgamP4_2R4094973540951358 31
AGAP003651AgamP4_2R4100450341048799111
AGAP003656AgamP4_2R4116470941215391481
AGAP003660AgamP4_2R4128667241303256 62
AGAP003662AgamP4_2R4132042441324364 42
AGAP003768AgamP4_2R4312448343126198 51
AGAP003896AgamP4_2R4568395945697778 61
AGAP003906AgamP4_2R4577646345780615 81
AGAP003914AgamP4_2R4610800946246976161
AGAP004108AgamP4_2R5004433450047428 61
AGAP004164AgamP4_2R5099721551001446 62
AGAP004341AgamP4_2R5484497754880648142
AGAP004402AgamP4_2R5568002155697274 51
AGAP004819AgamP4_2L 3860781 3870396 71
AGAP004919AgamP4_2L 6015229 6016503 31
AGAP005071AgamP4_2L 9486328 9510114 61
AGAP005088AgamP4_2L 9831393 9884956 42
AGAP005156AgamP4_2L1064907010755016112
AGAP005177AgamP4_2L1140925111410735 41
AGAP005245AgamP4_2L1287539212980092201
AGAP005369AgamP4_2L1469845314706996 73
AGAP005393AgamP4_2L1490556914909679 41
AGAP005484AgamP4_2L1612899016130984 21
AGAP005564AgamP4_2L1709808217282268222
AGAP005583AgamP4_2L1737334317416279121
AGAP005606AgamP4_2L1780598117830356 91
AGAP005693AgamP4_2L1878524918788122 22
AGAP005802AgamP4_2L2119903821200529 31
AGAP005892AgamP4_2L2321097023224492 72
AGAP005953AgamP4_2L2403522524041129101
AGAP005992AgamP4_2L2457024524572409 71
AGAP006023AgamP4_2L2499285325017164101
AGAP006070AgamP4_2L2605375526055333 22
AGAP006136AgamP4_2L2707389027080755 41
AGAP006270AgamP4_2L2892769029014805 91
AGAP006528AgamP4_2L3391060233921559 81
AGAP006601AgamP4_2L3464182534667834101
AGAP006762AgamP4_2L3797618238013826171
AGAP006949AgamP4_2L4020875840211975 61
AGAP006958AgamP4_2L4025620840258932 22
AGAP006959AgamP4_2L4026001740263217 32
AGAP007064AgamP4_2L4212945342133676 53
AGAP007103AgamP4_2L4269039442780336132
AGAP007172AgamP4_2L4381772743821466 61
AGAP007643AgamP4_2L4860864448628119112
AGAP007693AgamP4_2L4909055849092120 22
AGAP007726AgamP4_2L4932709649335442161
AGAP007819AgamP4_3R 1379173 1394030121
AGAP007927AgamP4_3R 2920155 2921050 32
AGAP007940AgamP4_3R 3222828 3227440 81
AGAP007952AgamP4_3R 3280091 3283095 62
AGAP008165AgamP4_3R 6283222 6293393121
AGAP008232AgamP4_3R 7435306 7485012 91
AGAP008329AgamP4_3R 9178834 9181317 91
AGAP008503AgamP4_3R1134829911351174 51
AGAP008582AgamP4_3R1328538913288878 51
AGAP008665AgamP4_3R1458275014584145 31
AGAP008666AgamP4_3R1459813714635187 61
AGAP008810AgamP4_3R1811416118130493211
AGAP008836AgamP4_3R1928590719287446 22
AGAP008858AgamP4_3R1963102819637914 61
AGAP008867AgamP4_3R2008198520083558 51
AGAP008916AgamP4_3R2078144120782813 41
AGAP008926AgamP4_3R2107047521095482 61
AGAP009002AgamP4_3R2310160923140101121
AGAP009059AgamP4_3R2495787224959842 31
AGAP009083AgamP4_3R2545326125464563 51
AGAP009127AgamP4_3R2642583426428862 31
AGAP009210AgamP4_3R2874748328807725181
AGAP009259AgamP4_3R3002499830027281 31
AGAP009288AgamP4_3R3085284930854274 41
AGAP009323AgamP4_3R3126693731268285 41
AGAP009466AgamP4_3R3397841434000999112
AGAP009493AgamP4_3R3472135034725605 91
AGAP009584AgamP4_3R3666877836675722 31
AGAP009620AgamP4_3R3706669937068881 21
AGAP009659AgamP4_3R3766851237675952121
AGAP009693AgamP4_3R3885764038960522121
AGAP009777AgamP4_3R4318681343212226 81
AGAP009863AgamP4_3R4455801744565002 41
AGAP009883AgamP4_3R4473813744740130 41
AGAP009972AgamP4_3R4692789946967776 81
AGAP009999AgamP4_3R4743475647437212 51
AGAP010133AgamP4_3R4929187649295766 61
AGAP010211AgamP4_3R5083705850838854 31
AGAP010273AgamP4_3R5192126451925249141
AGAP010377AgamP4_3L 2369330 2371785 71
AGAP010696AgamP4_3L 8701034 8703432 61
AGAP010929AgamP4_3L1330573413326642 22
AGAP011078AgamP4_3L1630708016308826 31
AGAP011092AgamP4_3L1647160716481111 41
AGAP011118AgamP4_3L1729340617320321141
AGAP011541AgamP4_3L2695127626960944 51
AGAP011563AgamP4_3L2776945427779644 61
AGAP011751AgamP4_3L3291975532925666 22
AGAP011788AgamP4_3L3327088833273378 32
AGAP011818AgamP4_3L3374239133745844 31
AGAP011898AgamP4_3L3467889834685295 41
AGAP011937AgamP4_3L3539038435398547 62
AGAP012014AgamP4_3L3630592536313751 81
AGAP012017AgamP4_3L3639849736400052 22
AGAP012053AgamP4_3L3693855536949962102
AGAP012056AgamP4_3L3715198237164957 62
AGAP012126AgamP4_3L3791253037916108 54
AGAP012138AgamP4_3L3800304038004273 31
AGAP012148AgamP4_3L3806983438083361 81
AGAP012154AgamP4_3L3808682238094356 51
AGAP012193AgamP4_3L3856925138571085 31
AGAP012194AgamP4_3L3857367338579166 73
AGAP012216AgamP4_3L3896959738971631 42
AGAP012217AgamP4_3L3897318838975218 41
AGAP012346AgamP4_3L4089008740892623 31
AGAP012708AgamP4_UNKN2452424724526229 22
AGAP012953AgamP4_X 5010455 5014238 42
AGAP013015 AGAP004002AgamP4_2R4780754347811366 51
AGAP013189AgamP4_2R3614764236152498 22
AGAP013228 AGAP007534AgamP4_2L4726706447270247101
AGAP013250AgamP4_2R 6126689 6142448 61
AGAP013259AgamP4_X 9510303 9529157 22
AGAP013400AgamP4_2R3615641536161295 22
AGAP013457 AGAP003663AgamP4_2R4132750841338543 72
AGAP013544 AGAP007378AgamP4_2L4618911846195042 92
AGAP028133AgamP4_3L3668281236686689 32
AGAP028180AgamP4_3R1091201010912484 22
AGAP028369 AGAP028370 AGAP028371AgamP4_Mt 3868 5489 54
AGAP028374 AGAP028373AgamP4_Mt 5557 5972 33
AGAP028598AgamP4_3L3669140636695005 32
AGAP028640AgamP4_3L4089614340898717 41
AGAP028653AgamP4_X 2965242 2975175 81
AGAP029101AgamP4_2R2562463625644615141
AGAP029116AgamP4_2L3775183037792659101
AGAP029123AgamP4_3L3104811131080583111
AGAP029456AgamP4_3R1101341411055374 31
AGAP029469AgamP4_3L3719885237309773241
AGAP029492AgamP4_3L2651470526643492191
AGAP029533AgamP4_3R4409472244105918 81
AGAP029587AgamP4_3R4377690743779496 61
AGAP029597AgamP4_3L3791650337930619 61
AGAP029608AgamP4_3L4107930841100344 72
AGAP029624AgamP4_3L1566940415690361 61
AGAP029625AgamP4_3L 5313190 5342479 22
AGAP029656AgamP4_2L2793417828181661151
AGAP029664AgamP4_2L4245386242547169211
AGAP029742AgamP4_3L2419704924202069 71
AGAP029752AgamP4_3L2692542626934753 71
AGAP029804AgamP4_3R4815982348201423 81
AGAP029820AgamP4_2L1798088318000152 41
AGAP029895AgamP4_2L 6133739 6189662111
AGAP029978AgamP4_3R1988250620009796151
AGAP029989AgamP4_2L1236639512408633122